Это происходит потому что компонент каталога, не понимает что данный конкретный ЧПУ это параметры компонента smart.filter, а не ссылка на какой то раздел.
Надо смотреть в параметры компонента catalog. А конкретно в шаблоны которые формируют URL. Есть шаблон URL для smart.filter, которые показывает откуда ему брать параметры.
Это можно и через "настройку компонента" делать, а можно в код смотреть. В catalog/index.php должен быть вызов компонента catalog и там среди параметров надо искать такое. И выставить в соответствии со своим ЧПУ.
"SEF_URL_TEMPLATES" =>
Array(
//...что то там....
"smart_filter"=>"#SECTION_CODE_PATH#/filter/#SMART_FILTER_PATH#/apply/",
//...что то ещё...
),
