не совсем корректно описаны условия, я там понимаю речь о одинаковом контенте, но в одном больше html элементов, а у второго те же задачи по стилизации достигнуты с помощью css. Если так - то у первого явно избыточная вложенность и вероятно он для seo хуже.
Но на самом деле лучше обсуждать конкретные примеры, так есть куча косвенных не очевидных вещей. Поправьте если не прав, а лучше приведите пример кода.
Тут явно будет еще фактор скорости загрузки, но так как мы гадаем на кофейной гуще без реальных цифр, однозначно Вам никто не скажет. Надо перейти к конкретике.
2мб css файл однозначно плохо. Но если речь о 20kb против 30kb - это не о чем.