На самом деле так и надо делать, с нуля, с пустым шаблоном, когда в корне только пару папок, bitrix и upload. Не понимаю людей которые разворачивать готовый шаблон, а потом пытаются этот говнокод из коробки править.
И если работал с Битрикс уже, в чем проблема то? Это файловая cms, вставляешь нужные компоненты на нужных страницах, создаёшь свои шаблоны а папке /local для встроенных компонентов, или пишешь свои компоненты если потребуется.