Процесс system нагружает жесткий диск через какое то время бездействия компьютера, что делать?
Это штатное поведение Windows.
При бездействии запускаются сервисные программы - оптимизация дисков, установка обновлений, и.т.д.
Как только система видит что компьютер не используется - стартует сервисные утилиты, если пользователь опять начал работать, их работа прекращается.