Термин "клиент" принято использовать в случаях, когда речь идет о явно существующей клиент-серверной архитектуре. Таким образом, "клиент" и "приложение", в общем случае, не синонимы, потому что "приложение" может быть автономным. Скажем, графический редактор или калькулятор - это, чаще всего, приложения, так как ни к какому серверу или сервису они не обращаются. В случае мессенджеров всё не так однозначно. Скажем, во времена популярности ICQ, было совершенно нормально говорить о приложении, которое люди использовали для общения в ICQ, как о "клиенте ICQ". Чаще всего, допустимость применения термина "клиент" к приложениям-мессенджерам коррелирует с открытостью протокола (а также наличием различных реализаций как серверного ПО, так и клиентского ПО, использующего этот протокол). Скажем, пользовательские приложения для работы с открытым протоколом Jabber часто называют Jabber-клиентами. А Skype, для которого ни альтернативных клиентов, ни альтернативных серверов нет, называют "приложение Skype". Подчеркну, что это не вопрос строгого определения, а сложившаяся практика.
