EF это ORM фрэймворк. Инфоблоки в битриксе это не просто обертка для доступа к данным, а более высокий уровень абстракции. В частности инфоблоки:
-позволяют гибко настраивать права доступа
-создавать новые блоки и свойства в них "из админки"
-имеют какой-никакой стандартный редактор
Но при этом менее гибкие чем своя собственная структура БД, ну и традиционно дополнительный уровень абстракции не прибавляет скорости работы. В частности запросы которые генерирует битрикс зачастую очень неоптимальны.
Отвечая на ваш вопрос: в зависимости от того, что вам нужно. Это не взаимоисключающие сущности, а сущности разных логических уровней. В частности если вы уж захотите реализовывать инфоблоки, то работать с базой разумнее используя EF.