Проблема решена! Была она в плагине WP Super Cache. На время доработки сайта я отключил функцию кеширования в плагине. В следствии чего у меня появлялась такая ошибка. При отключении плагина, ошибка не пропадала. Выяснилось это самым грубым образом. Я сделал копию сайта до того как начал заниматься доработками, в копии всё работало. После чего, когда надежда была потеряна, последним рывком было просто взять и грубо заменить все файлы в wp-content файлами копии. В числе этих файлов, вне папки плагинов и тем был файл под названием wp-cache-config.php. В нём находятся генерированные настройки плагина WP Super Cache. И после замены всех файлов в папке wp-content, всё заработало. Ну а далее методом исключения я выяснил что вышеуказанный файл с настройками, содержал в себе как раз отключённую настройку кеширования. Которую я благополучно отключил в середине разработки, что бы она не мешала. После включения этой настройки, всё снова заработало но уже с моими файлами и папками. Надеюсь мой опыт пригодится кому-то, так как потратил на это я почти месяц) занимался даже на работе, дома до 4 утра, на выходных, под коньяк) в общем, дай Бог всем терпения)
P.S.: Появилась мысль написать небольшой плагин для логирования действий с сайтом, что бы не забывать такие мелочи, но уверен уже что-то такое есть)