Сначала винду, потом линукс. Линукс установит свой загрузчик, Grub, который обеспечит выбор ОС при запуске и корректную загрузку. Но тут проблема в том, что может и не узнать, что есть RAID0 с виндой и будет воспринимать просто как два отдельных диска. Опять же, каким способом сделан RAID? Если это встроенный в материнку контроллер, то есть вероятность, что линукс распознает массив и установленную ОС, чтобы правильно сконфигурировать Grub. Но если RAID сделан средствами самой винды, то вряд ли получится задуманное. Если контроллер аппаратный (в чём я очень сомневаюсь), то возможны варианты. В любом случае, линукс спокойно ставится рядом с виндой и даёт её правильно загрузить. Винда же сносит всё, что к ней не относится. Поэтому, винду ставим первой.