mcrypt можно выбирать степень стойкости алгоритма, которая прямо пропорциональна затратам
php
умеет работать с mcrypt
Продумайте, где и как будете хранить ключи к пользовательским хранилищам
К примеру, CodeIgniter
умеет шифровать пользовательские данные. Можете использовать, или
просто подсмотреть, как сделано.