Нужно запустить приложение как сервис, тогда оно выполнится сразу после загрузки.
sc.exe create <new_service_name> binPath= "<path_to_the_service_executable>
Чтобы отключить реагирование на Alt+F4 - нужно использовать или проверку в коде, или запуск в режиме "киоска" (если такой предусмотрен).
Win+R - работает только в explorer.exe
Вот дока - configuration kiosk-single-app
A single-app kiosk uses the Assigned Access feature to run a single app above the lockscreen.
When the kiosk account signs in, the app is launched automatically. The person using the kiosk cannot do anything on the device outside of the kiosk app.