Я бы поставил контроллер с хорошим кешированием (настоящий, железный), либо использовал Flashcache и RAID10, как посоветовал
@d00mko.
Тажке я бы все-таки поточнее проследил dstat при загрузке зоны, тогда будет ясно что "прокачивать", но я думаю это IO.