Обновление приложения не зависит от среды разработки, это отдельная задача.
Готовых фреймворков для этого прилично.
Чтобы вас не считали вирусом, ваше приложение должно по правилам пакетного менеджера системы регистрироваться как приложение, иметь возможность корректного удаления и т.п.
Огромный подспорьем является цифровая подпись дистрибутивов (но ключ разработчика надо будет один разок купить у майкрософт), собственно это белый билет в мир без проблем с действительно автоматическим обновлением (через task scheduler например, никаких своих приложений в фоне, по отрывал бы руки ламерам, использующим корявые практики).
В windows очень популярный inno setup, подходит всем, простой и свободный.
