Вам нужен либо вариант 1 либо 2, не оба вместе. Причём первый кошернее, так как задумывалось именно так. Если всё же второй вариант, то необходимо залинковать каждый бинарь (команду) в `/usr/local/bin`.
Aleksandr, надо начать с основ: PATH это что-то вроде контекста вашего шелла, при вводе любой команды поиск бинаря будет выполнен в PATH. Попробуйте ввести echo $PATH, вы увидите строки с путями разделённые как правило двоеточием, как-то так: /usr/loca/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin
Каждый из этих путей ведёт к директории внутри который будет осуществлён поиск бинаря команды. До первого вхождения. Если бинарь не найден - вернётся ошибка Command not found.
Когда вы делаете export PATH вы предопределяете переменную, и записываете в неё то что было раньше плюс новый путь, например /usr/local/mongodb/bin. Таким образом, когда вы введёте mongod в следующий раз, в PATH будет найдена директория монги, а в ней бинарь.
Почему не работает? Вариантов много. Очевидное объяснение PATH не переопределился, попробуйте изучить содержимое $ echo PATH на предмет директории монги. Попробуйте ввести $ export PATH=/usr/local/mongodb/bin:$PATH прямо в терминал, а затем ввести $ mongod.
Возможно файл в котором вы выполняете переопределение не читается вашем шеллом из-за настроек, или из-за того что у вас другой шелл (не bash).