Однажды я проделал такое не по ошибке, а специально, поскольку не люблю GPT и считаю бесполезным восстановительный раздел Windows (он нужен один раз за всю жизнь компа). Затем восстановил нормальную загрузку ОС. Всё делалось, загрузившись с одного из популярных LiveDVD/LiveUSD, с помощью ремонтно-восстановительного пакета 2k10.
Сначала конвертировал GPT->MBR (парагоновским HDM). Затем снёс кучу миниатюрных системных разделов, оставив C и D (второй - для хранения пользовательских данных), пустое пространство присоединил к ближайшим большим. И наконец, восстановил загрузку утилитой BootICE, выбрав тип загрузчика самый последний (самый нижний в списке). Восстановителей загрузки в пакете 2k10 много, не поможет один - пробуем следующий, и до победного конца (у меня тоже не сразу получилось).
Кстати, Win10 обычно не желает устанавливаться на MBR, и описанный выше способ годится, чтобы одолеть эти брыкания.
