Как можно из скрипта обратиться к файлу с HTML в момент исполнения и отработать в нём свой сценарий без предварительного подключения?
Если возможно, то как зачистить следы его присутствия и возможен ли откат результатов работы скрипта в истории браузера и где он там ещё что понаоставляет?
js - это клиентская технология (node не считаем). Если что вам нужно незаметно - то только на бекенде: отправляете ajax - сервер в php отрабатывает - фигачит как надо и возвращает. В принципе так.
А если все же надо на клиенте - обфусцируете js, и предварительно там творите ад - чтобы было кучи зависимостей, подвязок с сторонними скриптами - так вы усложните жизнь. Ну и еще можно как Авито сделать - при включенной консоле творить ад. Но это тоже обходится.