Посмотрите на
Encrypted Core Data SQLite Store.
Это кастомная реализация persistent store, файл БД при его использование содержит зашифрованные данные.
У этой библиотеки есть проблемы с производительностью определенных запросов, стоит это учитывать, например, при использовании NSFetchedResultsController с большим объемом данных, разбитых по секциям.