Я просто вставлял флешку в заражённый ПК, на чистом сразу проверил cureit - ничего, убедился что не появились новые файлы и сразу форматнул флешку. Думаю, можно быть спокойным? :) Исключительно для проверки флешки наверное достаточно cureit/kaspersky сканер? Ведь малвари некуда прятаться, только несколько файлов.
1. Дирлист (на незаражённом в текстовик).
2. После заражённого - отключить авто-запуски с флешки.
3. И снова дирлист.
4. Сравнить.
5. Если равны - всё ОК.