Обязательно. Ближайшие пару месяцев ещё можно писать на UnityScript, но его окончательно выпилят в следующей версии, да и никто на нём никогда не писал, все использовали C#. Переход с питона на c# очень простой и безболезненный, сам так делал, питон к шарпу достаточно близок, если сравнить, например, с плюсами.
Если же говорить про теоретическую возможность использования питона в юнити, то да, это осуществимо, можно даже перекомпилировать код в рантайме, но это будет работать только при наличии нужного обвеса и на ограниченном количестве плаформ. В нормальной разработке шарпа хватает для всех задач и лишние прослойки будут только мешать.