Норма ли, когда используются связи в Mongo? К примеру, Коллекция "группа" содержит массив ссылок ref "люди" -- люди, состоящие в этой группе. Как быть, лучше встраивать людей целиком объектом или по ссылке? И ещё момент, если на некоторых "людей" так же должна ссылаться коллекция "учреждение", то тут тоже по ссылке, или встраивать и туда, и сюда целиком человека? Но если встраивать целиком, то сложность в синхронизации актуальности данных человека, вдруг оригинал человека изменит свои поля, придется пробегаться по всем местам, где этот человек есть и обновлять его поля.
Можно использовать Mongo для связанных полей, но лучше не изобретать велосипед, а брать готовый фреймворк, который это умеет из коробки. Например, mongoengine для python.