Читаем документацию. Внимательно. FreeBSD - это монолитная система, и документация в ней (английская по крайней мере) всегда соответствует действительности.
Хорошо, что во FreeBSD нет такого уродства как systemd. Хотя мне уже лет пять, как параллельно, но все равно хорошо :)
Чтобы добавить в автозапуск файл, нужно просто отредактировать файл /etc/rc.conf
mycool_enable="YES"
mycool_program="/this/is/path/to/my/program"
можно добавить любые другие переменные, они будут доступны стартовому скрипту. Стартовый скрипт должен находиться в /etc/rc.d или /usr/local/etc/rc.d и соответствовать стандарту FreeBSD