Суть в чем я на локалке изменил права на папку полсе чего его закинул на репозиторий где был сделан merge request на все. То есть это я объясняю к том что я не могу вернуть ветку. Теперь вот нашел решение find . | xargs git update-index --chmod=-x
но тут есть проблема путь к файлу должен передаваться после update-index --chmod=-x
не подскажите есть ли решение как это можно сделать