Возможно по какой-то причине не доступен каталог с пользовательским профилем.
Обычно он находится в c:\Users\<имя пользователя>
В случае не доступности пользовательского профиля винда генерирует временный профиль с настройками по умолчанию. Соответственно никаких ваших ярлыков на раб.столе не будет, приложения, установленные в профиль так же будут не доступны.
Временный профиль, на сколько я помню, генерируется где-то в c:\windows\system32 (если не доступен c:\users).
Проверить расположение текущего профиля можно в cmd.exe введя команду:
set USERPROFILE
Если у вас действительно эта ситуация, то нужно разбираться почему ваш рабочий профиль не доступен.
Варианты:
1.профиль находится не в каталоге по умолчанию, а перенесен на другой диск/раздел и этот диск/раздел в данный момент не доступен.
2.в организациях часто используют сетевые профили, в этом случае может быть не доступен сервер, где лежат профили пользователей.
3.все в том же духе
Другой вариант - рушится пользовательский реестр. Встречал подобное несколько раз. Эта проблема всегда по разному проявляется, в зависимости от того что именно в реестре ломается.
В этом случае лучше всего создать нового пользователя в системе и работать из под него, данные перенести из старого профиля в новый, старого пользователя удалить.