Один сертификат может заверять несколько самых разнообразных имен. Называется это SAN - Subject Alternative Name и задаются они при создании запроса на сертификат. Изменить что-либо в сертификате нельзя. Обьединять два сертификата в один файл в Вашем случае бессмысленно - обьединяют их, когда необходимо, чтобы для проверки правильности сертификата в одном файле находился сертификат и все сертификаты CA, выдавших его вплоть до корневого.
Не знаю, как это делает LE, но в обычных CA указывается, что сертификат поддерживает SAN, а в собственном CA понятно , что Вы сами воротите что хотите.