Без скриншотов нельзя сказать ничего, кроме "вы делаете что-то не так". Покажите картинку в окне Фш до обрезания и после (с панелью слоев желательно, на всякий случай). Может вы кропом выделили область, а потом вместо применения обрезания отменяете его.
У вас в панели слоёв наверняка применен стиль к слою с изображением - обводка. Потому и появляется серая обводка по контуру =)
Откройте слои, слой с нужной картинкой и уберите у него обводку. Тогда и обрезать не придется ничего.