Ключевой момент: в 12.04 был apache2.2, а в 14.04 -apache2.4. Конфиги НЕ совместимы, т.к. заменены модули.
На вопрос вынесенный в заголовок ответ
roswell точный, конфиги apacha там. Но пришлось ещё править конфиги
PHP и устанавливать драйвера asterisk ODBC для доступа к базе. В общем не рекомендую так делать. Думаю проще было-бы слить конфиги FreePBX (или asterisk, если он нативный) и поставить заново готовы образ FreePBX Distro.
По идее, если конфиги не подойдут полностью, разрулить должно быть проще. Собираюсь попробовать для обновления до 16.04