Ваш же вопрос тут
Максимальное время выполнения скрипта Google Script
К тому же не ведете переписку по другим вопросам.
Вы не можете преодолеть пердел исполнения в 6 минут. Для того, чтобы получить результаты поиска при повторном запуске скрипта, вы должны сохранить во внешнем хранилище значение токена, который действет неделю.
if (continuationToken == null) {
var files = DriveApp.getFiles();
} else {
var files = DriveApp.continueFileIterator(continuationToken);
}
где continuationToken заранее получен и извлечен из внешнего хранилища.
if(files.hasNext()){
var continuationToken = files.getContinuationToken();
Для автоматического перезапуска скрипта вы должны создавать триггеры времени.
Чтобы представить всю масштабность задачи, можете взглянуть на готовое приложение для копирования Диска ericyd/gdrive-copy
Также существует несколько сниппетов и библиотек, которые позволяют "продлить" исполнение тем же методом, который я описал выше.