Примерный чеклист
1. Интеграция со всеми вашими текущими сервисами - vcs/testcase management/reports etc
2. Цена на человека
3. Возможность приватных проектов (многие проекты NDA и не хочется, чтоб данные из трекера были видны наружу) или приватного сервера с трекером внутри компании
4. Наличие web/desktop/mobile приложений
5. Скорость работы. Некоторые компании в несколько тысяч человек не смогут пользоваться медленным трекером
6. Возможность хранения файлов в трекере (файлы, видео, аудио)
Одно время работал в Яндексе и очень нравился их самописный трекер
https://yandex.ru/tracker/
Большинство людей выбирают JIRA
https://www.atlassian.com/software/jira
Как вариант youtrack