Если вы никогда не снимали только в RAW, то есть отсутствие JPEG-файла с тем же именем, что у RAW-файла, является надежным признаком, что RAW нужно удалить, при этом не может быть так, что исходная пара JPEG и RAW разбросана по разным папкам, проще всего написать batch-файл (вы, к слову, не указали ОС в тегах, но похоже, что это Windows), который будет обходить все папки рекурсивно, перебирать все *.cr2, проверять условие существования в той же папке файла с тем же именем, но .jpg, и если условие не истинно, удалять .cr2.