Настройки-то перенести несложно (делать ессно от рута):
cd /
tar -cjvf myoldetc.tar.bz2 etc
Полученный архив перенести на новую инсталляцию и ... нет, ни в коем случае не распаковать в /etc! А держать у себя в домашке в качестве хранилища уже готовых настроек, да и бэкап лишним не будет.
Программы переносить не стоит. Бубунта пакетный дистриб, в нем все программы тупо ставятся из пакетов - достаточно просто посмотреть, что было установлено и поставить то же самое. И вот после установки того же самого - можно перебрасывать уже настроенные конфиги. Кстати, это требует некоторого знания системы и программ - тупое копирование незнам-чего может привести к совершенно обратному результату...