У вас есть исходники программы и есть Git репозиторий и вы хотите скачать последнюю работающую версию сайта?
Если так, ты тут два варианта:
- Вы просто берете и "сливаете" ваш проект с последним (работающим commitOM)
- Просто скачать архивом этот самый репозиторий
На вашем месте я бы немного поправил руками сайт и закомитил бы на репозиторий отдельной веткой.