Года 2 назад я практиковал следующее:
В репозитории у меня было 2 ветки: master и html.
master - WP
html - верстка
В master ветке я настроил субмодуль из ветки html в папку темы, выглядит так
take.ms/LpfHC
При пуле из master субмодуль также обновляется (тянет все изменения из html ветки)
Вот мой баш скрипт -
take.ms/rb8xC