Можно.
Контексты не знают друг о друге ничего, и нет никакой разницы, создаете вы два экземпляра одного класса контекста, или два экземпляра разных классов контекстов. Каждый экземпляр полностью изолирован и функционирует так, будто он один на свете. Т.е. в него можно пихать любые таблицы/сущности и мапинги лишь бы они были корректны с точки зрения схемы бд.
Единственный минус возможно заключается в том, что какие-то маппингы придется дублировать в двух местах. Таким образом возможно могут быть нарушены принципы вроде DRY и еще какие-нибудь. Но, как предложили выше, наследование закрывает этот вопрос.
В любом случае окончательно решение нужно принимать с учетом всех особенностей вашей архитектуры.