Да, мне тоже не понятны недостатки 1-й схемы. Для меня PHP хобби и я делаю всякие полезности для работы, автоматизация. Раньше меня что-то на перфекционизм тянуло и я старался писать красивый код, с архитектурой-свистелками-пирделками-пищалками (т.е красивый сам для себя и только для себя). Сейчас я пишу довольно грязный код, но довожу дело до конца.
Все что касается SQL запросов, то после появление PDO все максимально упростилось визуально. И работая с PDO частенько приходишь к тому что идет долбанный СMD+C CMD+V. Далее ты правишь имя таблицы и вторую часть запроса. Если тебе надо поменять в один момент название таблицы везде, выделяешь все документы в редакторе и делаешь Find All - Replace All.
Я хочу сказать, что вы этим вопросом показываете то что готовы уложить время на несуществующие трудности и стоит об этом задуматься.
На меня много программистов работает и сейчас я требую чтоб они писали так, чтоб работало – а потом пусть потратят время на оптимизацию и красивости. Иначе на красивости часто уходит времени столько, что проекты не доводятся до конца. А если разработчик вы опытный, то частенько идет копи-паст из предыдущих проектов. Притом копируются солидные куски, не побоюсь назвать цифру в >80% кода – копия с других проектов.
PS:
Лучше когда сделаете по простому, придите на тостер и спросите: Вот сделал проект, все работает. Хочу оптимизировать. Что посоветуете.