Сделать раздельные конфиги для каждого коннекта, например raw.yml
name: Raw database migration
migrations_directory: "../../DoctrineMigrations/raw/main"
migrations_namespace: Application\Migrations
table_name: migration_versions
И запускать миграции с ключами
bin/console do:mi:mi --db=raw --configuration=app/config/migrations/raw.yml
Где --db=raw - имя connection в конфигурации доктрины