Как должна выглядеть правильно файловая структура проекта?
Допустим у меня проект состоит из таких папок:
scripts/
styles/
img/
и тд + index.html. Правильно ли я сделал? Или надо было засунуть все, кроме index.html в папку source(src)?
Зависит от того, что используется на проекте. Если просто jQuery, то ваша структура вполне годится. Если юзается какой-то сборщик, типа вебпака, то я бы засунул все в src, а выхлоп складывался бы туда, где лежит index.html.