Для винды важнее режим работы контроллера диска - могут быть проблемы при переходе на AHCI и обратно. Исправляется легко - до "обновления" - меняется драйвер контроллера, к которому подключен загрузочный диск, на "стандартный контроллер IDE" или установить SATA-драйвер, смотря в какую сторону переход.