Если речь идет о Node.js, могу поделиться своей реализацией.
Но в целом файлы хранят по хешам, тоесть если у вас например есть файл с хешем
ddcab4080b10682d9384b04f41ddbf3e907165a5
то сохраняете его к примеру по пути
upload/ddc/ab4/080/b10682d9384b04f41ddbf3e907165a5/file.jpg
а в бд записываете что это за файл и для чего он.
Ресайзы или какие другие варианты файла можно хранить так
upload/ddc/ab4/080/b10682d9384b04f41ddbf3e907165a5/250x140.jpg
Такой способ позволяет избегать дубликатов и в одной папке храниться ограниченное количество файлов (при большом количестве файлов в одной папке, скорость работы файловой системы замедлиться)
Это в основе, далее идет уже мультисерверность и различные серверы кеша для файлов.