Привет,
В случае, когда была нестандартная установка (своя сборка, свои пути и т.п.), то лучше делать так:
1. Сделать полный бэкап баз.
2. Остановить сервер.
3. Удалить старый сервер.
4. Собрать и установить новый сервер.
5. Запустить новый сервер, проинициализировать базу.
6. Накатить бэкап.
А чтобы потом не мучиться в пределах обновления минорых версий, то поставить сервер дефолтово, по крайней мере в путях, если конечно это возможно.