Вообщем если в корзине товаров много (больше 60) при создании заказа не все попадают в админку в заказ, причём при успешном создании заказа, корзина должна очищаться, так и происходит, если товаров немного, а если много, некоторые из них попадают в заказ (а итоговая цена всё равно составляется из всех товаров), а остальные остаются в корзине//
Выполните проверку БД (средствами битрикс), проверьте права доступа к файлам.
Посмотрите, эти товары есть в наличии или нет.
Посмотрите init.php может быть там есть какой-нибудь обработчик.
Если шаблон кастомный, может быть где-то вывод товаров происходит постранично в заказе (выводится часть товаров, а остальные на др. страницах), а сумма итоговая со всех страниц.
При тестовом оформлении заказа все позиции товаров выводятся в письме клиенту?
шаблон самописный? Что-то не так с кодом. Попробуйте удалить bitrix/templates/Ваш шаблон/components/bitrix/sale.personal.order и sale.order.ajax
(предварительно сделайте копию на локальном компьютере). Может дело в шаблоне компонента.