Можно писать pid процесса при старте скрипта в файл с заданным названием, и дальше, например по крону регулярно его запускать, открывать файл проверять есть-ли процесс с таким pid(ls -l /proc/$PID/exe или ps -p $PID), если есть, выходить, если нет, или нет файла, писать pid в файл и запускать обработку, при выходе удалять файл.