На падающих объектах скорее всего есть коллайдеры, да? Используйте
Physics.CheckSphere, если в случайно выбранной точке уже есть объект, то выкидываете её и выбираете новую. Делайте так в цикле, пока не найдёте свободное пространство, либо количество итераций не превысит какой-то порог, например сто циклов. В большинстве случаев этого будет достаточно.