Ankhena, при чем тут яндекс? У человека favicon на сайте не работает. Георгий_, вы, скорее всего, путаете. Индексация ни как не связана с фавиконом. Откройте прямую ссылку и посмотрите есть он или нет. http(s)://site.com/favicon.ico
Если речь про фавиконку в сниппете поисковой выдачи Яндекса то при наличии правильно оформленного фавикона на сайте, фавиконка появляется в среднем через 1-3 недели после заливки