Частая ошибка — вебсервер смотрит в корень проекта, а "уже там я сейчас через htaccess...."
В папке web(Yii2, Symfony), в папке public(Laravel) и в папках public_html (shared hosting) должны быть только точка входа (index.php), css, js и images,
остальное выше или рядом с этими папками