На хостинге создаются сами по себе файлы содержащие base64_decode и как я понял и php shell файлы. После удаления файлов, они появляются вновь. С чего начать проверку? Как найти дыру. Там сайтов висит на машине около 15. Это и Joomla и Wordpress и просто голый html. Доступ есть ко все cpanel на каждый сайт, ssh доступа нет.