Сразу по SFTP работайте над проектом и всё.
Сделали этап - синхронизируем локальную рабочую папку с SFTP в одном направлении: с SFTP к себе и делаем коммит на гит.
Также, в начале работы - делаем синхронизацию с гита к себе в локальную рабочую папку и затем, синхронизируем эту папку по SFTP на хостинг и там работаем.
Вот линк по phpstorm на эту тем, может быть полезным...
Но если нужно поставить что-то из модулей на сервер, а не в проект, то как быть?
1. Оповещение команды о временной недоступности сервера ввиду установки модуля [название модуя],
2. Работы по установке и настройке,
3. Снова оповещение об окончании работы и возвращению сервера в "строй".
Готово!)