А операционка какая и через чего программа со звуком работает? Под линуксом достаточно много всего, начиная от jack-audio и заканчивая pulseaudio. И к тому и к тому есть биндинги для питона.
Другими словами, если программа не пишет напрямую в карточку, а делает это через аудио-сервер, то всегда можно подключиться к аудио-серверу и закоммутировать с него звук на себя.
