А в чем собственно вопрос? Делайте как по документации
1) При установки модуля добавляем агент:
\CAgent::AddAgent( "\\Your\\Module\\SuperClass::superAgent();", "your.module", "N", 10 * 24 * 3600, "", "Y");
где
"\\Your\\Module\\SuperClass::superAgent();" - код php который должен выполняться (точка с запятой в конце строго!!!)
"your.module" - название вашего модуля
"N" - периодичность
10 * 24 * 3600 = периодичность запуска
'' - первая дата проверки (оставлять пустой)
"Y" - активность агента
2) При удалении - очищаем агенты
\CAgent::RemoveModuleAgents("your.module");
3) Если файлы располагаются по канонам d7 ( /your.module/lib/superclass.php ), то ничего больше делать не нужно, если старый - то нужно прописать в include.php автолоадер для вашего класса с агентом