Во время ее работы я могу ее файлово скопировать через Veeam Backup? Она будет после этого работать? Так можно делать?
Зависит от нескольких факторов.
Вообще можно копировать файл виртуальной машины во время работы, и если вы сделаете это грамотно, например с помощью теневого копирования - все прекрасно будет работать.
А вот как именно работает Veeam Backup об этом лучше спросить у производителей этого продукта.