Можно ли за архивировать файлы консольным скриптом?
Зависит от архиватора, если он поддерживает работу с командой строкой, то конечно можно.
Например ахрхиватором rar упаковываем файл
source.txt в архив с именем
arhive и расширением
nonstandardextensionrar a arhive.nonstandardextension source.txt
Большинство известных мне архиваторов поддерживают работу из командной строки, ключи можно посмотреть в мануалах конкретного архиватора.