Чем отличается webdav от samba и что лучше?
Сложно сказать, это разные вещи для разных ситуаций.
Думаю SAMBA лучше, ибо работает явно шустрее, но сравнивать по скорости их не корректно, это разные вещи.
SAMBA это комплекс программ на Linux позволяющих организовать работу с локальными дисками через некое не совсем доделанное подобие SMB от Windows, но вполне работает.
А webdav заточен для работы не в локальной сети, а в интернет, но работает криво и медленно.
По поводу шифрования - и то и другое шифруют, в одном случае заворачивают в тоннель, в другом случае с помощью SSL, хотя SSL теоретически тоже можно назвать тоннелем.